Każdy nawóz, niezależnie czy występuje jako organiczny czy nieorganiczny, może się okazać szkodliwy dla środowiska. Warunkuje to głównie jego odpowiednie zagospodarowanie. Istotne jest określenie zawartości składnika w każdej z form nawozu, w celu określenia dawki do zastosowania na jeden hektar. Przenawożenie skutkować może uszkodzeniem roślin, w skrajnych przypadkach ich zamieraniem, a także odpływem składników do środowiska, co powoduje m.in zanieczyszczenie wód.

Nie bez znaczenia jest także odpowiedni sposób aplikacji nawozu. Nawozy organiczne powinny być jak najszybciej wymieszane z glebą, podobnie jak większość nawozów nieorganicznych. Jednak istnieją przypadki kiedy nie można wymieszać nawozów z glebą, np. w przypadku nawożenia pogłównego azotem. Ale tym przypadku również można odpowiednio gospodarować składnikiem, za sprawa doboru odpowiedniej formy, dawki i warunków, w których jest stosowany.

Jak wspomniano wyżej, nawozy mineralne zazwyczaj zawierają te same składniki odżywcze, co nawozy organiczne. Przewagą nawozów nieorganicznych jest fakt, że w przypadku nawozów organicznych składniki pokarmowe muszą, ulec rozkładowi mikrobiologicznemu. Dla przykładu azot w oborniku zwierzęcym, występuje w formach organicznych takich jak białka, mocznik i aminokwasach. Drobnoustroje rozkładają te formy i uwalniają jon amonowy (NH4+). Dalsze działanie prowadzi do przekształcenia jonu amonowego w azotanowy(NO3-). Jony amonowe i azotanowe uwalniane podczas rozkładu obornika są tymi samymi, które są dostarczane przez nawóz na bazie azotanu amonu.Ponadto powszechnym komercyjnym źródłem azotu jest mocznik, który jest związkiem organicznym występującym w oborniku zwierzęcym.

Zaletą nawozu organicznego, jakiej nie posiadają nawozy mineralne jest wprowadzenie do gleby materii organicznej, która jest najcenniejszym składnikiem, jakiego gleba potrzebuje . Jest to główny czynnik determinujący przewagę nawozów organicznych nad nieorganicznymi. Z kolei na korzyść mineralnych wpływa fakt, ich łatwiejszej i szybszej aplikacji.
Podsumowując, błędem jest zatem stosowania określeń nawozy naturalne i nawozy sztuczne, gdyż nawozy mineralne również mają pochodzenie naturalne. Jak sama nazwa mówi wydobywane są z gleby w postaci minerałów i wracają do niej - zatem różnią się one od nieorganicznych formą występowania, natomiast efekt zastosowania przyniesie takie same efekty w obu przypadkach.

Źródło: Soilsmatter.